Общественный транспорт в Японии работает строго по расписанию. На дальние расстояния большинство японцев предпочитают летать: билет в два конца на самолет может обойтись дешевле, чем билет на поезд. Японские поезда суперсовременны, бесшумны и так точны, что вы можете составить план своих поездок буквально по минутам. В нем традиционно есть вагоны для курящих и для некурящих пассажиров, а самые современные модели, в которых все места только для некурящих, оборудованы комнатами для курения. В любом случае необходимо предварительное бронирование мест.
Даже метро и автобусы выдерживают расписание с точностью до секунды. Стоимость проезда на все виды транспорта, включая метро и городской автобус, подробным образом тарифицирована и зависит от расстояния (а для дальних переездов также от скорости и комфорта). Билет на метро и электричку покупается перед посадкой на сумму, соответствующую тарифной сетке до пункта назначения, и после прохождения через автоматический турникет на станции должен хранится пассажиром до конца поездки, до момента повторного прохождения турникета на станции назначения. В случае утери билета выйти со станции прибытия можно только после повторной оплаты стоимости проезда.
В зависимости от типа автобуса оплата проезда происходит либо во время или до посадки, либо при выходе из него. Маршрутных такси как вида транспорта в Японии не существует.
Машин такси в крупных городах очень много, а водители, хотя как правило и не говорят по-английски, чрезвычайно предупредительны и приветливы. Частного извоза в Японии не существует, а оплата производится строго по счетчику.
Дорожное движение в Японии левостороннее (машины с правым рулем). При переходе дороги необходимо оценить ситуацию сначала с левой, а затем с правой стороны. Левая дверь такси открывается автоматически, а правую по ходу движения дверь, в целях безопасности, нельзя открывать без разрешения водителя.
В большинстве провинциальных городов, таких как Хакодате, Кумамото, Нагасаки, ходят трамваи. Это медленный и шумный вид транспорта, с короткими маршрутами, зато билеты на трамвай очень дешевы.
Велосипед - отличный способ перемещаться по небольшим районам. Велосипедами пользуются все, так что специальные стоянки для них нередко полностью заняты. Ездить на велосипеде следует по тротуару. Велосипед можно взять напрокат, как правило, у вокзала.